Najwcześniejszymi mieszkańcami Gabonu byli Pigmeje, leśni myśliwi, którzy mieszkali w małych rodzinnych społecznościach nad brzegami rzek. W wieku XVI zaczęli napływać na te tereny przedstawiciele wielkiej rodziny ludów Bantu, grupy Goloa, Nkomi i Irungu. Na południowym zachodzie osiedliły się ludy Punu, które migrowały z terenu Konga, a południowo-zachodni kraniec kraju zajęły grupy Nzebi i Teke. W wieku XVIII natomiast na północy pojawiły się ludy Fang przybyłe z Kamerunu, przyprowadzone tu według legendy przez Pigmejów, a na południu zadomowili się Kita i Kwele. Zatem w epoce przedkolonialnej na terenie Gabonu znajdowały się małe państewka plemienne, a część kraju podległa była średniowiecznemu Królestwu Konga.

W 1472 roku Gabon został odkryty prze okręty portugalskie, w następnych latach Portugalczycy rozpoczęli badanie obszaru wybrzeża i ze względu na pelerynowy, kapturowy kształt największej zatoki nadali temu terenowi nazwę Gabio, tak nazywano kurtkę marynarską. Portugalczycy nie interesowali się jednak za bardzo nowym terenem, inwestując raczej w pobliskie wyspy Św. Tomasza, Książęcą i Fernando Po (Bioko). Większe zainteresowanie Gabon wzbudzał wśród francuskich, duńskich i brytyjskich żeglarzy, którzy przypływali regularnie na wybrzeże prowadząc z miejscowymi plemionami handel kością słoniową, cennymi gatunkami drewna i niewolnikami.

W 1849 roku została założona stolica kraju Libreville, w której najpierw zostali osiedleni uwolnieni przez Francuzów niewolnicy. Miasto zaczęło się rozrastać wokół wojskowego fortu, zbudowanego sześć lat wcześniej przez francuskiego oficera Bouët-Willaumez’a, na terenie wykupionym od lokalnych szefów: króla Denis’a i króla Louis’a. Libreville było później bazą dla innego oficera Pierre’a Savougan’a de Brazza, który organizował wyprawy odkrywcze w górę rzeki Ogooué i zapewnił wpływy francuskie w sąsiednim Kongu (jego imieniem nazwana jest stolica Republiki Konga – Brazaville).

W roku 1886 rząd francuski wyznaczył gubernatora dla Gabonu, kraj stał się kolonią, dwa lata później został częścią Konga Francuskiego, a od 1910 roku wszedł w skład Francuskiej Afryki Równikowej. W 1911 roku północna część kraju została oddana Niemcom, ale powróciła w dawne granice po Pierwszej Wojnie Światowej.

W 1940 roku Gabon został podporządkowany rządowi Vichy, a w 1946 stał się „zamorskim terytorium” Francji. W tym czasie burmistrz Libreville, Leon Mba, założył pierwszą partię polityczną Movement Mixte Gabonais (MMG), która była lokalnym ramieniem panafrykańskiego Rassemblement Democratique Africain (RDA). W odpowiedzi, w 1948 roku, jego przeciwnik polityczny i deputowany do parlamentu francuskiego Jean-Hilaire Aubame stworzył własną organizację Union Democratique et Sociale Gabonaise (UDSG). Partia Leona Mba przeorganizowała się następnie w Bloc Democratique Gabonais (BDG) i wygrała wybory w marcu 1957 r., sam Leon Mba został wiceprezydentem rady rządowej, a następnie premierem autonomicznej już Republiki Gabonu w ramach Wspólnoty Francuskiej.

Dnia 17 sierpnia 1960 roku została ogłoszona niepodległość Gabonu, pół roku później Leon Mba został wybrany na prezydenta państwa i pełnił ten urząd do swojej śmierci w 1967 roku. Przez czas swoich rządów stopniowo odsuwał od władzy opozycję. Na początku sformułował rząd koalicyjny z Aubame jako ministrem spraw zagranicznych, później różnice między obu politykami spowodowały rozwiązanie Zgromadzenia Narodowego i ogłoszenie nowych wyborów. Przed wyborami Mba został obalony przez wojskowy zamach stanu, a Aubame został zaproszony do sformułowania rządu tymczasowego. W takiej sytuacji interweniowało wojsko francuskie przywracając do władzy Leona Mba, a w wyborach 12 kwietnia 1967 roku partia BDG uzyskała 31 na 47 mandatów w Zgromadzeniu Narodowym.

Po śmierci Leona Mba nowym prezydentem został w październiku 1967 roku Albert-Bernard Bongo, w marcu następnego roku wprowadził w kraju system jednopartyjny z rządzącą Parti Democratique Gabonais (PDG), przeszedł także na Islam zmieniając imię na El Hadj Omar Bongo. Został ponownie wybrany w kolejnych wyborach w 1979 roku, otrzymując 99,87% głosów. W roku 1986 zostaje potwierdzony na swym urzędzie, wynikiem głosowania: 99,97%. Podobnie było podczas wyborów w 1998 roku i w roku 2005. W sumie Omar Bongo Ondimba rządził 42 lata, aż do swojej śmierci w 2009 roku. Tak długa jego kariera na najwyższym urzędzie w państwie jest czymś rzadko spotykanym w pełnym różnych wstrząsów afrykańskim świecie polityki i świadczy o ciągłym, dużym poparciu dla Omara Bongo ze strony obywateli Gabonu. Po śmierci Omara Bongo nowym prezydentem kraju został jego syn, Ali Ben Bongo, pełniący wcześniej obowiązki ministra obrony narodowej.